赛前资格问题
俄罗斯
俄罗斯田径选手无缘参加本次奥运，因为该国涉及2015年8月所发生的国际田径联合会大量资料外泄，国际田径联合会包庇了多达1/7的选手可能使用禁药的丑闻。外泄资料显示该国80%的田径奖牌得主可能使用禁药，该国甚至涉嫌包庇隐瞒。世界反兴奋剂组织公布了报告，指控俄罗斯政府和俄罗斯反兴奋剂机构合谋长期捏造俄国运动选手的禁药检验报告。
2015年11月13日，国际田径联合会以22比1的结果压倒性通过对俄罗斯田径协会实行全面“禁赛”决定。俄罗斯体育部长怒轰这是“政治制裁”。
2016年6月17日，国际田联决定维持对俄罗斯田径协会的禁令，同时还规定只有少部分通过俄罗斯以外机构禁药检测的运动员才有机会获得奥运参赛资格，不过他们必须以奥林匹克旗帜参赛。[33]
2016年5月，该国又有部分参加过索契冬奥会的运动员被指曾同样服用禁药，又令俄罗斯队的里约奥运之行增添不少变量。
6月21日，国际奥委会召开特别会议，会议决定允许包括少部分田径选手在内的所有通过兴奋剂检测的俄罗斯运动员参赛，同时又决定允许该国获得奥运参赛资格的田径运动员以俄罗斯国旗参赛。会后，奥委会主席托马斯·巴赫表示国际奥委会尊重国际田联关于维持对俄田径协会禁令的处罚[34]。
同时，该国的参赛运动员必须在赛前进行“特别药检”，才可以参加奥运。
2016年7月18日，由Richard McLaren所提出的报告指出，2014年冬季奥运中的俄罗斯禁药事件不但确实且严重，同时涉及30个项目、577个样本，包含从2011年至2015年8月间俄罗斯举办的所有国际赛事，因此很多国家支持国际奥委会（IOC）禁止俄罗斯参加2016年夏季奥运，甚至包括随后的2016年夏季残奥会，但是这项举动引起夏季奥运项目国际单项体育联合会协会（ASOIF）的反对，ASOIF认为WADA应该立即提供牵涉禁药问题的俄罗斯20大项运动项目细节，以便其下属的各单项体育联合会能够根据禁药条例采取行动，同时以个人方式去惩处才较为合理，因此对俄罗斯的惩处也从原本的7月19日延到7月21日到7月24日之间开始。[35]国际体育仲裁院将在2016年7月21日决定是否终止国际田径联合会对俄罗斯的禁令[36]。届时IOC会决定是否对俄罗斯全队禁赛[37]。对此俄罗斯炮轰是“政治阴谋”。
2016年7月21日，国际体育仲裁院决定维持国际田径联合会对俄罗斯的禁令[36]。而国际奥委会则在7月24日宣布，决定不对俄罗斯全队禁赛，参赛资格交由各单项体育联合会决定，最终代表团数目从389人降至291人，其中举重队被全面禁赛，赛艇、田径队被大部分禁赛，14个项目的运动员可以全部参与当届奥运[37]。
媒体认为如果将俄罗斯全面摒除在里约奥运之外，加上赛程缩水及安排混乱、奥运失焦、门票销售等问题，影响层面过于广泛恐是国际奥委会主要的考虑因素。也有人指控说国际奥委会主席托马斯·巴赫不想得罪俄罗斯总统普丁，便不对其全面禁赛。[来源请求]
肯尼亚
肯尼亚运动员也面临与俄罗斯一样的问题，因为过去有40多位选手因禁药而禁赛，尽管2016年5月肯亚总统签署反兴奋剂法令，但到奥运才确定保有资格，也没有像俄罗斯那样严重，该国要参赛的运动员像俄罗斯一样，必须在赛前进行“特别药检”，才可以参加。
科威特
2016年6月23日，科威特政府当局因不满国际奥委会没有进行全面公正的调查，就决定禁赛让人完全无法接受，科威特认为他们已经展示合作诚意但国际奥委会仍不领情让科威特处境尴尬，故该国正研议提起告诉，向IOC求偿10亿美元（该国也同时遭到FIFA、FIBA停权）。[38]